Man könnte zum Beispiel nach jeder Änderunng den Bereich der bedinngte Formatierung(en) neu zuweisen, falls notwendig.

Wenn man also beispielsweise Zelle A3 ändert, gehört diese ja zu einem zusammengehörigen Bereich. Diesem Bereich ist die bedingte Formatierung zugeordnet. Man prüft dann ob es mehere bedingte Formatierungen gibt, welche diesen Bereich betreffen bzw. überlappen und falls ja, reduziert man diese wieder auf eine einzige bedingte Formatierung.

Ich habe das in der Vergangenheit nach diesem Prinzip schon mal umgesetzt, daher weiß ich das es möglich ist.