bei intelligenten Tabellen ist bereits ein gewisser automatismus integriert. So werden Formeln in neue Zeilen automatisch übernommen. 

das dürfte deine laufende Nummer Problem schon lösen. 

Den Code, den du da hast, den kannst du direkt in die Tonne drücken. 
eine Intelligente Tabelle hat eigene Objekte und die sollte man auch nutzen.

hier wird die erste Intelligente Tabelle des aktiven Arbeitsblattes verwendet

Sub addline()
 
 With ThisWorkbook.ActiveSheet.ListObjects(1).ListRows.Add
 .Range(1).NumberFormat = "@"
 .Range(1).Value = Format(.Index, "000")
 .Range(15).NumberFormat = "@"
 .Range(15).Value = Format(.Index, "000")
 .Range(16).Value = Date
 End With

End Sub