damit wird eigentlich ein Zeilenumbruch eingeleitet. Nach dem Unterstrich darf in der Zeile nix mehr kommen. Du machst aber in der gleichen Zeile weiter. Es wundert mich, dass du da keinen Kompilierfehler erhälst.

Keine Ahnung obs was bringt aber probier mal:
 

If pptShape.Type = msoLinkedPicture Or pptShape.Type = msoLinkedOLEObject Then
'Use Replace to change the oldFilePath to the newFilePath 
    pptShape.LinkFormat.SourceFullName = Replace(LCase(pptShape.LinkFormat.SourceFullName), _ 
    LCase(oldFilePath1), newFilePath1) 
End If